我们无法知道贾牧师当时的思想与心灵是怎样挣扎的，只知道最后的结果，他作出了违背自己曾以真理原则教导别人的决定——参加了“三自会”。立刻，“三自会”全国副主席的名单里，列上了贾玉铭牧师的名字。这是“三自会”的一个重大胜利，终于将这位颇具国内外影响力的“神学界泰斗”，拉了进去。
一、 灵修院的分裂和变质
据当时在灵修院受造就的肢体，亲身感受说，贾老牧师参加“三自会”，是灵修院非常明显的一个转折。那种“灵风吹煦，灵雨滋润”的气氛，一扫而光，同工之间，同学之间，完全被那种政治斗争的恐惧气氛所笼罩。恩膏止住了，圣灵能力离去了，代之另一个灵——一种阴森的权势侵袭而来。辩论会——即斗争会，代替了祷告会。在一次有党政干部参加的，批斗“反三自”势力的会上，力主参加“三自会”的领头人王XX，逼着贾老牧师当众表态，把被批斗的反三自会同学杨XX开除灵修院，老牧师左右为难，说不出话来，最后只是重重地“唉——”了一声，拂袖离去。于是，这位主持会议的王XX下结论说：“老牧师被杨XX气得这个样子！”这位杨弟兄终于被开除，且无家可归，没有几天就被捕入狱了。老牧师的主要同工，以及钟爱的学生，也都离开了灵修院，有的并相继被捕入狱。贾玉铭牧师完全落在“三自会”的控制之下。
有一位肢体暗暗去问贾玉铭：“老牧师，你本来在讲台上告诉我们，参加‘三自会’是违背神旨意的；你为什么现在自己参加？”
贾玉铭的回答是他当时只为了灵修院能继续办下去，他的书可以继续出版，没有想到会这样发展下去，现在不能自拔了。 二、 诺言的幻灭
贾玉铭就任了三自会全国副主席的职位以后，随着灵力的离去，同工的离去，灵修院在神的眼中已经失去存在的价值，在三自会的战略部署上，也不复需要保留了。于是不久，就被迫结束，合并到南京金陵协和神学院去了，而这个协和神学院是干什么的，它自己的历史记录已清楚地说明了。从此，神托付给贾玉铭牧师的上海灵修院，不但没有继续办下去，而且彻底寿终了。另外，全套解经著述文稿，本已由“基督徒布道会文字部”出版了一部分，其余拟尽快出全，但贾玉铭却要回文稿，交给另一参加三自会的出版社，可惜这些文稿石沉大海不知去向了。
此时，他才意识到，名列全国三自会副主席之前，所得到的一切诺言，完全幻灭了。
五五年肃反，在全国教会中，彻底逮捕和清除了以王明道为代表的反三自会势力之后，基督教里表面上成了一言堂，公开的反三自会势力，被彻底摧垮。因此，过去用以壮其门面，藉以分化对立的某些“名人”，也没有多大利用价值了。于是，这位还挂着“全国三自会副主席”头衔的贾玉铭，竟被打成右派，站到被告席上去了。因为当初“三顾贾府”请你出来，是要利用你的名，而非要你这个人，更非要你的工作。实际来说，任何真正属神的人和工作，都早已被列到他们的被告席上了。
被骗——悔之——晚矣，这就是贾玉铭牧师末后一段路的真实写照。
如果当初贾牧师按主给他的启示，持守真理原则，拒绝参加三自会，又会怎么样呢？也不过是灵修院关门，书不能出，上台挨斗，顶多加上被捕坐牢，和王明道一样，与千万个这样的肢体同受苦害，却守住至高神仆人的贞操。如今，丧失真理原则，做了妥协，结果想保的，什么也没有保留得住，想避免的，什么也没有避免得了。最严重地是失掉了神的见证、教会的见证、神仆人的见证，成为逼迫残害主教会之人的工具，对自己个人来说，真是功亏一篑，晚节失贞了！
三、 灵力丧失，一蹶不起
贾玉铭牧师末后的光景，实在令人叹息惊异。在他一生的灵命生活和事奉工作上，堪称同心同行的贤内助贾师母，早已离世安息了。
同工的离去，爱徒的相继被捕，更可怕的是由于走错路而灵力丧失，失掉真正的属灵工作，他里外感到的孤单和痛苦，也是我们难以想象的。好像一个受了重伤的人，仆倒在地，昏昏然爬不起来。这绝非笔者的主观臆断，在那个时期，接触贾老牧师的人，都可以作见证，甚至当时控制他的三自会一派的人，也不能否认，贾老牧师是一蹶不振了。
有一天，贾老牧师暗地找到他从前的一位学生，请求为他祷告。这位学生说：
“老牧师，你自己祷告呀！”
老牧师回答：“我不会祷告了。”
学生惊问：“老牧师，你从前都教我们祷告，怎么你现在不会祷告了呢？”
答：“神不听我祷告了！”说完竟失声痛哭。
到底是什么阻隔了神垂听祂仆人的祷告呢？圣经中的答案太多了，只举一例：
神藉先知耶利米说：“他们必向我哀求，我却不听。”为什么神不听哀求？因为“在犹太人和耶路撒冷居民中，有同谋背叛的事。他们转去效法他们的先祖，不肯听我的话……背了我与他们列祖所立的约。”（耶利米书十一章9~10节）
扭转这种祷告不蒙垂听的光景，只有扭转自己的脚步，这是所有经历过属灵规律的人所能见证的。
深明属灵规律的贾老牧师，完全清楚自己问题的症结所在，所以他曾通过和缓央求的方式，要求退出“三自会”，但，“上贼船容易，下贼船难。”他的要求当然被拒绝了，除非自己决心付出比当初不参加更大的代价。但这对一个已经里外受伤的人来说，谈何容易！
贾玉铭老牧师末后的这种丧失灵力，一蹶不起的光景，使多少爱主也爱他的肢体痛惜、忧伤，但在那种情况下，也只能在祷告中等待他调转脚步，里面的伤痕得医治，灵力恢复，在新形势下，为主再打美好的仗！但是，直到一九六四年夏，他悲悲惨惨地离开世界，没有听见他有什么变化。
哀哉！中国教会的一代属灵巨人，中国神学界的泰斗贾玉铭牧师，竟是这样凄惨的退出沙场，笔者书写至此，真是噙泪执笔，几次伏案失声——大英雄何竟如此仆倒！
悲怆之余，不能不清醒头脑。综观贾牧师一生，何竟如此结局？有它的外在因素和内在因素。
外在因素是抵挡神、逼迫教会的社会条件，和教会里悖道路线对所有忠心事主之人的冲击。这正是中国教会所面临的共同外因。当我们看到“三自会”及其吹捧者，抬出他们的副主席贾玉铭，招摇过市的事时候，令我们想到的，不是这个招牌证明“三自会”这个组织取得神学上、真理上的支持，也不是能使这个组织从这位有崇高声望的名人，捞取一丝属灵的印证，相反，这个招牌正是一个极好的反证：以贾玉铭的现身说法表明，“三自会”这个组织是一个怎样毁坏神所重用的仆人，是一个怎样沾染不得的组织。其实，这一点，“三自会”的当权者自己是最清楚不过的，它只能蒙蔽一些国外不明真情的人们。贾玉铭牧师在参加“三自会”这一步上，成了他晚年一个惨痛的转折。所谓“一失足成千古恨”，这是何等明显的事实，也是一个神仆人的悲剧！
这个悲剧的内在因素，给所有服事主的人，特别是被神重用的人，一个极其深刻、极其重要的教训。
贾牧师受骗是因为他的神学知识不够吗？属灵程度不高吗？还是他求问神，神没有给他指示呢？这些都不是。使他作出妥协的具体条件是：灵修院要继续办下去，还是关门？全套圣经解经文稿，要出版问世，还是付诸东流？这是一个挣扎。灵修院培养人才解经书供应信徒。这些不但是个人多年的心血，岂不也是主的工作吗？个人得失为小，主的工作为重。为维护工作而委屈自己，这真是难能可贵，无可厚非的选择。
是的，在从事社会上的某项事奉，这是一个高尚的原则。但是，许多属世的高尚原则，拿到神的圣工上，却是不适用的，甚至会是极其错误和有害的。当以色列人赶着牛车，拉约柜时，牛失前蹄，车要翻，约柜要倒，乌撒用手扶住约柜，这本是好意，但被神当场击杀，死在车前。这给我们一个鲜明的教训：神不要、甚至憎恶用违背神旨意的手段，去维护一个错误的工作。我们必须无条件的接受神所吩咐的：祭司杠抬约柜的办法，弃绝用牛车拉约柜的人的手段。神绝对不允许我们用违背真理的方法，去维护他的工作。工作的主是神，我们只能作顺命的奴仆，只有按真理而行的义务，没有自作主张的权利。
在这弯曲悖谬的世代，教会中，背道路线呼风唤雨，真如同吼叫的狮子遍地游行，寻找可吞吃的人。这时，对神的仆人来说，最重要的品质，就是忠心。忠于工作的主。工作和主，我们到底爱哪个？爱工作过于爱工作的主，导致可悲的结局。这是贾玉铭牧师给我们的深刻教训。背离主的工作是社会事业，不是教会圣工。爱工作过于爱工作的主，实质上是爱自己、爱名利的变态表现，因为工作是人经营的，视主工为个人的私营事业了，实际上，必然落于窃夺主的荣耀而不觉。
神的道永远长存，主的教会永远立于不败之地，不等于有形的灵修院一定要继续办下去，书一定要出版问世。神若看为需要，他必保守，仆人只有忠心。
贾老牧师有了妥协的内在因素，所以外在因素才能在他身上发生作用。这是一个惨痛的教训！
贾老牧师虽已过去，但他的一生的成功和末后的失败，都会成为教会的宝贵教训。并且有何等宝贵的现实意义。笔者深信，我们本着谦卑受教的心，这样实事求是，从这些属灵前辈，吸取正反两方面的经验和教训，必会比单方面地“隐恶扬善，歌功颂德”获益更多，更合神心意。
此篇拙文，似乎对已过去的主仆有所评价，但如果单为了评价一个人物，无论评得怎样正确，我宁愿缄口，今日自己受戒，明日见主坦然。但是，耳闻目睹，那些法老的术士们，歪曲历史，谬解真道，以假乱真，以贾玉铭牧师为招牌，替自己的背道行径寻找借口，粉饰装潢。对内继续毁坏教会、苦害肢体；对外迷惑和蒙蔽一些不明真相的人，是可忍孰不可忍？每念及此，我就觉得“似乎有烧着的火，闭塞在我骨中，我就含忍不住，不能自禁。”我也深以为是出于主的感动了，求主怜悯。