陈日君8月接受彭博访问时透露，他今年7月致函教宗方济各（Pope Francis），批评这类协议虽然能排除和北京建立外交关系的障碍，但可能造成当地信徒分裂。

陈日君表示，“教宗方济各太过乐观，不了解中国政府，没有和中共政权交手的经验。”陈日君认为，教廷并不了解习近平的意图，希望教宗提防身旁的人。他在写给教宗方济各的信中表示：「我真正担心的不是您，圣父阁下，而是您身旁的人。」

他说：「您的合作对象正在做的事，我用一个很糟糕的义大利字来形容，是密谋（macchinando）。这将带来悲惨和持久的效果，不仅是对中国的天主教教会，而是对整个天主教教会。」

有关北京可能让教宗有权否决中共支持的会议任命的主教，陈日君也提出批评。他表示：「这个会议是假的，没有任何权力。」他说，此举恐怕会造成「受到圣父祝福的分裂教会」。

梵蒂冈拒绝评论陈日君的发言或有关中国的消息。针对陈日君早前暗示，教宗方济各并未完全知悉教廷官员对中国采取的策略，梵蒂冈今年1月末指名道姓批评他「造成混淆视听并引起争议」。

在中国当局近年来大规模打压宗教自由，程度是1982年入宪以来最严重。不仅拘押天主教神父，强拆各地数以千计教堂十字架、取缔教会活动，禁止信徒聚会，甚至拆除教堂。

乐观者以为梵中协议“里程碑”式努力是梵蒂冈让中国拉向西方的外交逆转，认为这是“东方主义”的再度尝试。

有人则认为这是宗教自由原则的一次重要失败。质疑梵蒂冈与中国签订主教任命协议是否明智，包括美国外交人员在内的一些人担心教宗让渡了自己对教会领导权的影响力，与一个无神论政体分权。

意大利《L’Espresso》杂志撰稿的梵蒂冈专家桑德罗·马吉斯特说：“教会设法在神职事务上将自己从王权和政府的控制中解放出来，例如主教任命权，可现在这一成就又在吵吵嚷嚷中被对华协议冲销了。”

中国不可能放弃对任何宗教的控制，近年的系统打压就是一个明证。中国约有1000万天主教徒，他们在中国天主教爱国会批准的教堂中活动，梵蒂冈不承认“爱国会”。而许多中国人参加所谓的“地下教会”，它们忠于罗马的主教领导，中梵协议一旦签署，意味着“地下教会”遭到梵蒂冈的抛弃。